本实用新型公开了一种水电发电机组及其控制系统，其包括，安装组件，包括底板和两组支撑座，其中一组支撑座上固定设置有第一防护件，另一组支撑座上转动设置有第二防护件；发电机主体，设置于所述支撑座顶部；主控站，包括主控机、操作员工作站和通信工作站；现地单元，包括现场传感器和控制器，所述现地单元输出信号通过线缆与通讯单元输入信号接口连接，通讯单元通过网络接口与主控站互联。第一防护件和第二防护件实现对发电机主体的可拆卸安装；主控站通过现场传感器采集的现场数据对水电机组进行机组效率曲线拟合和最优效率机负荷分配计算，拟合出机组的综合效率特性曲线，以实现对水电机组的负荷分配。