本实用新型公开了一种空冷燃料电池系统，包含燃料电池堆、阳极吹扫系统、阴极吹扫系统、空气冷却流道吹扫系统、控制系统。所述阳极吹扫系统用于对燃料电池阳极流道进行吹扫；所述阴极吹扫系统用于对燃料电池阴极流道进行吹扫；所述阳极流道和所述阴极流道中间并联设置有负载，利用燃料电池系统带载产生的热量加速燃料电池内部水的蒸发；所述空气冷却流道吹扫系统用于对空气冷却流道进行吹扫；所述控制系统用于对燃料电池停机吹扫的集成控制。本实用新型所提供的空冷燃料电池系统可以对燃料电池进行高效吹扫，实现对成本的控制及燃料电池的长久保护。