本实用新型提供了一种自动充氮装置及无菌分装系统，属于充氮设备技术领域，包括传送辊道、充氮箱体和控制系统。传送辊道用于传送铝桶；充氮箱体设于传送辊道上，充氮箱体的前侧设有可启闭的升降进门，充氮箱体的后侧设有可启闭的升降出门，充氮箱体的顶部设有用于开启或关闭铝桶的桶盖的启闭机构，充氮箱体内设有压力传感器，充氮箱体上还开设有抽真空口和充氮口；控制系统电连接压力传感器，用于控制传送辊道、升降进门、升降出门以及启闭机构的动作。本实用新型提供的一种自动充氮装置，能够实现铝桶的重复性自动充氮，降低了人工成本，也确保了产品质量的稳定性。