本实用新型涉及一种核能海水淡化制备瓶装饮用水系统，包括海水淡化处理系统、灌装水生产线，所述海水淡化处理系统的水源出口处与灌装水生产线的水源入口处连接；海水淡化处理系统包括中间换热器和与之连接的海水淡化装置，所述中间换热器与核能蒸汽系统连接，将核能蒸汽系统抽出的气体热量传递给除盐水作为热源输送到海水淡化装置中。本实用新型利用核能淡化后的海水进入灌装水生产线，为瓶装水的水源提供了一种新的选择，可为沿海缺水地区、海岛、工业示范园区等提供安全淡水，高效节能，安全可靠，市场前景大。