本实用新型提供了一种微流控核酸提取检测盒、检测系统，涉及分子检测技术领域。包括：自上而下依次设置的上盖板、芯片层和下盖板，上盖板开设有进样口，芯片层上设置有样本腔、裂解液存储腔、清洗液存储腔、洗脱液存储腔、混合腔、扩增腔、缓冲腔、旋转切换阀、废液腔和流道。本实用新型提供的旋转切换阀只涉及到扩增腔、提取液路和废液的两路相连，因此只需实现三通即可。本实用新型提供的阀体结构设计简单，可以极大程度上降低芯片及检测盒的成本。此外，旋转切换阀操作简化，有助于提高导流分液效率，可加快核酸扩增和提取的效率，将核酸提取、扩增和检测集成于一体，具有良好的应用前景。