本实用新型提供一种小医疗机构垃圾自动收运系统，包括通讯连接的智能医废桶、智能终端和收运平台；智能医废桶放置于医疗机构，包括：垃圾桶，用于进行医废投放，并在垃圾桶内设置称重模块，以检测垃圾桶内医废的重量；第一无线通信模块，第一无线通信模块与称重模块数据连接，以将检测到的圾桶内医废的重量数据发送至收运平台；收运平台包括：控制中心，基于所接收到的重量数据向智能终端的发送收运任务；该智能医废桶能够实时监测医废重量变化，并将重量数据上传至收运平台，收运平台会根据重量数据生成收运任务发送至智能终端，收运者在智能终端的指导下进行收运即可，优化管理流程，提高工作效率，提高医废收集的时效性和准确性。