本实用新型提供一种化粪池消毒系统，该化粪池消毒系统包括化粪池，化粪池包括池体和设置在池体上与池体密封连接的盖板；设置在化粪池顶部与化粪池连通的废气处理装置，废气处理装置用于对化粪池产生的废气进行消毒；化粪池包括相互连通第一隔间、第二隔间和第三隔间，第一隔间顶部侧壁设有进液管，第三隔间的侧壁上设有出液管，第三隔间顶部与废气处理装置连通；第一隔间和第二隔间通过第一连通管连通，第二隔间和第三隔间通过第二连通管连通。本实用新型中的化粪池消毒系统，解决了现有技术中缺少一种对化粪池排出的废气进行消毒灭菌的消毒系统的问题。