本实用新型涉及一种组合建造二级医院发热门诊的集装箱系统，包括：多个集装箱，多个集装箱装配形成装配式建筑体，且其内侧形成有缓冲区、潜在污染区、污染区及清洁区，且具有分开设置的医护人员通道及患者通道；所述装配式建筑体中间形成有内庭院区域；还包括顶棚结构，所述顶棚结构置于所述装配式建筑体顶部；所述集装箱包括模块结构、外墙、内墙和底板，其中，所述模块结构由梁、柱、次梁及角件组装形成，所述外墙包括基层及面层；所述内墙包括模块内墙、面层及隔墙；所述底板层包括高强水泥纤维板形成的基层及地砖、防静电地板或地板革形成的面层，整个集装箱折叠后便于被运输，降低了运输集装箱所带来的成本。