一种重劣质油加氢生产低硫船用燃料油的系统，包括原料配制罐，原料配制罐出口与多相流加氢改质反应器进口相连，多相流加氢改质反应器出口与高压气液分离器入口相连，高压气液分离器顶部的气相产物出口与固定床加氢精制反应器入口相连，固定床加氢精制反应器出口与分馏塔入口相连；分馏塔塔顶的气体产物作为循环氢经循环压缩机返回多相流加氢改质反应器，分馏塔侧线抽出口直接获得石脑油馏分，塔底出口获得馏分型船用燃料油调和组分；高压气液分离器底部的液相产物出口与旋液式分离器入口相连，旋液式分离器顶部的气相产物出口获得残渣型船用燃料油调和组分，底部液相产物出口获得含固油渣。本实用新型具有流程短、成本低、产品结构灵活的特点。