本实用新型公开了一种间歇式瞬时高真空动态灭菌系统，在动态灭菌柜的进料口及出料口处分别对应设置有进料旋转阀和出料旋转阀，在一级离心分离机和二级离心分离机的出料口处分别对应设置有第一旋转阀和第二旋转阀，出料旋转阀通过第一出料管与一级离心分离机的进料口密封连通，第二鼓风机的抽风口通过第一抽风管道与一级离心分离机的顶部出气口连通，第一旋转阀通过第二出料管与二级离心分离机的进料口密封连通，第四鼓风机的抽风口通过第二抽风管道与二级离心分离机的顶部出气口连通，在二级离心分离机的底部出料口处安装有第二旋转阀，在第一出料管和第二出料管上还连接有补风结构。采用上述系统具有灭菌效果好等优点。