本实用新型涉及移动式藻水分离船，包括船体、设置于所述船体上的气浮机、分离机构、连接所述分离机构的转运机构，所述船体内设置有藻水舱、连通所述藻水舱的藻水分离舱，所述气浮机设置于所述藻水舱内，所述分离机构通过机架设置于所述藻水分离舱内，所述分离机构包括若干挤压辊、设置于若干所述挤压辊之间的滤水输送带、连接所述挤压辊的挤压电机，藻水设置于所述藻水舱内，所述气浮机将所述藻水分层，分层后的所述藻水沿滤水输送带被所述挤压辊挤压实现泥水分离，并被所述转运机构移出。