本实用新型公开了一种充水式的水电站溢流表孔工作闸门侧水封系统，包括侧水封本体、主管线、控制器和压力源，侧水封本体包括一体成型的第一部分和第二部分，第一部分与闸门门页固定连接，第二部分包括第一层水封和第二层水封，第一层水封和第二层水封的端部设置水封连接层，第一层水封与第二层水封之间具有中空注水层。本实用新型的充水式结构构成水封两段式封水，当水封不充水时，通过水封初始角度避免与闸门进行接触，当水封充水后，第一层水封受闸门迎水面水压向后，带动第二层水封与门槽进行接触封水，提高了水封使用寿命，即使水封出现老化磨损，两段水封可以进行相互补位封水，封水效果更好，进一步降低了闸门水封维护难度及维修费用。