本实用新型涉及一种新型高通量自动固相萃取装置，包括萃取架，所述萃取架上设置多个萃取柱，所述萃取架中部对称设置有两个流体驱动机构，所述萃取架底部分别设置洗脱液收集盒和废液收集箱，每个萃取柱下端均通过换向阀分别连通有洗脱软管和排废液软管，且每根洗脱软管的管体设置在一个流体驱动机构内，其端部与洗脱液收集盒连接，每根排废液软管的管体设置在另一个流体驱动机构内，其端部与废液收集箱连接。本实用新型不论柱床是否发生轻微堵塞，均可将流体通过柱床的速度控制在某一定值；而且可同时处理多个样品，保持同组软管中的流体的流速相同，有利于减少平行样品通过固相萃取柱的回收率差异。