本实用新型公开一种基于增强定位的航标专用雷达系统，包括：接收天线、发射天线、下变频模块、上变频模块和FPGA模块，接收天线用于接收工作频段范围内的雷达信号，当系统处于莫尔斯码应答模式时，FPGA模块按用户的莫尔斯码设定方式将存储的雷达中频信号样本展宽到莫尔斯码的码长宽度并调制，形成莫尔斯应答信号，输出至上变频模块；当系统处于增强定位模式时，FPGA模块采用频率编码FSK调制的方式对存储的中频信号样本和位置数据信息进行编码。本系统的增强定位功能可以应答各类航海雷达，在能见度不良时对航行障碍物等目标位置使具有定位能力，降低了船舶航行风险，有利于保障航道畅通，提高航行效率。