一种制药废水深度处理设备，包括顺次连接的深度氧化处理单元和深度净化处理单元；所述深度氧化处理单元包括依次相连的pH调节池、管道混合器和氧化池，所述管道混合器上对称设有高锰酸钾投药口和亚硫酸氢盐投药口，所述深度氧化处理单元用于完成加酸及基于高锰酸钾/亚硫酸氢盐的高级氧化反应过程；所述深度净化处理单元包括依次相连的pH回调池和混凝沉淀池，用于加碱、曝气接触氧化和混凝沉淀。本实用新型能够切实解决制药废水深度处理难题，实现出水达标排放或回用。