本实用新型公开了一种耦合脉冲萃取系统，包括通过管路连接的耦合脉冲萃取塔和往复脉冲泵，所述耦合脉冲萃取塔内固定有隔板，所述隔板将所述耦合脉冲萃取塔分隔为第一萃取腔和第二萃取腔，所述往复脉冲泵包括第一脉冲腔和第二脉冲腔，所述第一脉冲腔内设置有第一活塞，所述第二脉冲腔内设置有第二活塞，所述第一活塞和第二活塞通过连杆连接，所述第一活塞和第二活塞同向运动，所述萃取塔第一脉冲口通过管路连接至所述第一脉冲腔，所述第二脉冲口连接至第二脉冲腔。本实用新型中的往复脉冲泵可以实现自动耦合脉冲功能，脉冲泵流量为正常流量的一半，从而达到减少泵功率，达到节约能耗的目的。