本实用新型涉及一种微生物转化中药中活性成分的提取分离装置，包括壳体，壳体的顶部设置有顶盖，顶盖的外侧与壳体之间设置有固定组件，顶盖的底部固定连接有固定短筒，固定短筒的外壁开设有两个L型槽体，顶盖的内部设置有过滤筛筒，过滤筛筒外侧的顶部固定连接有两个限位柱，限位柱延伸至L型槽体的内部，过滤筛筒的外壁与底部均开设有通孔，顶盖与过滤筛筒之间设置有张紧组件，壳体的内部且位于过滤筛筒的下方固定连接有隔板。本实用新型以解决，第二电磁阀打开后，萃取后的溶液和粉碎中药会一起进入过滤腔，从而容易堵塞过滤层，进而萃取溶液无法流入收集箱中，且粉碎的中药在萃取腔中不便进行清理，不利于实际使用的问题。