本实用新型提供一种肝素钠生产废水处理系统，包括集水沉淀罐、真空过滤机、浓缩液收集罐、酶解罐、离心喷雾干燥塔、超滤系统，集水沉淀罐一侧的上清液出水端通过管道与提升泵组连接，提升泵组的出水端通过管道与真空过滤机连接，真空过滤机通过管道与超滤系统连接；集水沉淀罐下端的浓缩液出口通过管道与浓缩液收集罐连接；浓缩液收集罐的出口端还通过管道与酶解罐连接；酶解罐与离心喷雾干燥塔连接。本实用新型不仅实现了肠衣废水的处理，而且还实现了蛋白质的提取；通过集水沉淀罐实现肠衣废水沉淀，上清液通过过滤和超滤处理，产水可以回用；而浓缩液通过和沉淀罐的浓缩液通过酶解和离心喷雾干燥塔，从而实现了废水资源化处理。