本发明公开了一种电磁式电能质量统一控制器的保护系统，该控制器包括并联支路和串联电抗，所述保护系统包括运行开关JCQ1和运行开关JCQ2以及检测控制器温度和电流的温度传感器和电流传感器，运行开关JCQ1与串联电抗并接，运行开关JCQ2与并联支路串接，控制器正常运行时运行开关JCQ1断开，运行开关JCQ2闭合，使串联电抗和并联支路均接入电力系统；温度传感器检测到控制器温度超过设定温度范围时或电流传感器检测到控制器过流时，运行开关JCQ1闭合，运行开关JCQ2断开，使并联部分与电力系统脱离，串联电抗被旁路短接。