L'invention concerne un procédé de traitement d'effluents par brassage avec des boues activées, au moyen d'une installation comprenant trois zones de traitement (6,7,8), une zone recevant les effluents à traiter et commandée pour fonctionner en anoxie, une zone reliée à la zone en anoxie et commandée pour fonctionner en première zone aérobie, et une zone reliée à la première zone aérobie et à un décanteur (11) et commandée pour fonctionner en seconde zone en aérobie, le procédé comprenant les étapes d'alimenter séquentiellement une zone de traitement (6,8) avec des effluents à traiter et des boues activées, la zone recevant les effluents étant commandée pour fonctionner en anoxie, l'alimentation séquentielle étant réalisée de manière que la zone préalablement en anoxie devienne la seconde zone en aérobie tandis que la première zone en aérobie reste commandée pour fonctionner en première zone en aérobie.