Un substrat hybride comporte des première (1) et seconde (3) zones actives en matériaux semi-conducteur décalées latéralement et séparées par une zone d'isolation (5). Les surfaces principales de la zone d'isolation (5) et de la première zone active (1) forment un plan. Le substrat hybride est obtenu à partir d'un substrat souche comportant successivement des couches en premier (2) et second (4) matériaux semi-conducteurs séparées par une couche d'isolation (6). Un unique masque de gravure est utilisé pour structurer la zone d'isolation (5), la première zone active (1) et la seconde zone active (3). La surface principale de la première zone active (1) est libérée formant ainsi des zones vides dans le substrat souche. Le masque de gravure est éliminé au-dessus de la première zone active (1). Un premier matériau d'isolation est déposé, aplani et gravé jusqu'à libérer la surface principale de la première zone active (1).