Vorgeschlagen wird ein Inbetriebnahmeverfahren einer Milchentkeimungsanlage und eine Milchentkeimungsanlage, eingerichtet zur Durchführung des Inbetriebnahmeverfahrens. Die Milchentkeimungsanlage weist einen Separator (5) auf und eine darauf folgende Pasteurisiereinheit (34), sowie ein Abzweigungsventil (15) zwischen dem Separator (5) und der Pasteurisiereinheit (34), eingerichtet, nach einem Durchspülen des Separators (5) und der Pasteurisiereinheit (34) mit einem Flüssigkeitsstrom aus Spülwasser, zum Ersetzen des Spülwassers in die Milchentkeimungsanlage vor dem Separator (5) eingeleitete Milch (1) in eine Mikrofiltrationseinheit (14) abzuleiten und eine nach dem Abzweigungsventil (15) und vor der Pasteurisiereinheit (34) angeordnete Milchzuführung (22), eingerichtet durch Öffnen mindestens eines Permeatventils (40), mikrofiltrierte Milch aus der Mikrofiltrationseinheit (14) in die Milchentkeimungsanlage einzuleiten. Es sind ein Ersatzflüssigkeitszuleitungsventil (50) und ein Steuerungsmodul (54) vorgesehen, wobei das Steuerungsmodul (54) eingerichtet ist, das Abzweigungsventil (15) und das Ersatzflüssigkeitszuleitungsventil (50) derart zu steuern, dass gleichzeitig mit dem Ableiten der Milch in die Mikrofiltrationseinheit (14) ein Zuleiten einer Ersatzflüssigkeit, bevorzugt Wasser, zwischen dem Abzweigungsventil (15) und der Pasteurisiereinheit (34) in die Milchentkeimungsanlage mittels des Ersatzflüssigkeitszuleitungsventils (50) vornehmbar ist, derart, dass der Flüssigkeitsstrom durch die Pasteurisiereinheit (34) aufrechterhaltbar ist, wobei das Zuleiten der Ersatzflüssigkeit mit dem Einleiten der mikrofiltrierten Milch in die Milchentkeimungsanlage an der Milchzuführung (22) durch Schließen des Ersatzflüssigkeitszuleitungsventils (50) beendbar ist.