マイクロチップの寸法精度の低下を防止することのできるマイクロチップの製造方法及び製造装置を提供する。前記製造方法及び製造装置は、樹脂製基板１０、２０として、貫通孔１４が厚さ方向に形成された樹脂製基板１０と、樹脂製基板１０と加熱接合される接合面で貫通孔１４の一方の開口部を覆う樹脂製基板２０とを用い、熱板５１、５２のうち少なくとも一方の熱板として、樹脂製基板２０又は樹脂製基板１０と当接させたときに、当接面５１ａ又は当接面５２ａに開口部５１０ａ又は開口部５２０ａを有して当該当接面５１ａ又は当接面５２ａと外気とを連通する連通孔５１０又は連通孔５２０を有するものを用い、貫通孔１４と連通孔５１０又は連通孔５２０との互いの位置が対応するよう熱板５１、５２で樹脂製基板２０、１０を挟持させた状態で、樹脂製基板２０、１０を加熱接合する接合工程を備える。