본 발명은 미지시료 중에 존재하는 감염성 미생물을 검출하는 방법에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 실시간 중합효소연쇄반응법과 세포배양법을 이용하여 미지시료 중에 존재하는 감염성 미생물을 빠른 시간 안에 검출하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 검출방법을 이용하면 검출 시료 중에 감염성이 없는 미생물일지라도 그 미생물의 핵산만 존재하면 검출되는 중합효소연쇄반응법의 단점을 극복할 수 있을 뿐만 아니라 기존의 세포배양법을 이용하는 방법에 비해 감염성이 있는 미생물만 선택적으로 신속하게 검출할 수 있다. 이러한 검출방법은 수계에 존재하는 감염성 미생물을 검출할 수 있는 외에도 식수검사, 식당 위생검사 및 농축수산물 등의 식품검사에의 활용이 가능하므로 광범하게 이용될 수 있다.