本发明提供一种在号码携带业务下实现网间短消息互通的方法和系统，所述方法包括：第一GSM网络短消息中心G1-SMSC终呼前，若判断出目的用户非本网用户，则将SRI消息投递给互通短消息中心；互通短消息中心向CDMA网络的号码携带数据库查询目的MDN的归属网络，如归属网络为第二GSM网络， 向该第二GSM网络的归属位置寄存器G2-HLR发送携带目的MDN的 SRI消息；G2-HLR向G1-SMSC发送携带目的用户所在的移动交换中心的地址信息的SRI响应，所述G1-SMSC根据该地址信息向所述目的用户所在的移动交换中心发起终呼。与现有技术相比，本发明的方法和系统降低了网络改造成本，提高了网间消息投递的可靠性以及统计和计费的精确性。