水領域に発生したノイズを除去する三次元地形データ高精度化装置（１０）は、任意の一つの水領域の範囲を指定する水領域指定部（１３）と、三次元地形データの各部分の高さの分布特徴を表す特徴量を抽出することにより、任意の一つの水領域内の特徴量を抽出する特徴抽出部（１４）と、水領域内の特徴量と三次元地形データの各点の特徴量とを比較し、候補水領域と非水領域とに分割する分割部（１５）と、候補水領域から水領域を検出する水領域検出部（１６）と、検出した各水領域に隣接する周辺の非水領域の標高によって、水領域の補正平面を生成し、該補正平面で前記水領域検出部（１６）が検出した水領域を置換する平面生成部（１７）と、を備える。