本发明提供了一种带保护字的二维游程长度受限约束的编解码器及其使用方法，该编解码器包括编码器和解码器，所述编码器包括：数据缓冲及分组模块、二维码字生成模块、二维字单元页构造模块、二维码字写入阵列模块、保护字填充模块，上述五个模块依次连接，最后通过其中的保护字填充模块输出给二维数据记录装置；所述解码器包括：二维数据缓冲模块、二维字单元页构造模块、一维数据字译码模块、一维数据流组装模块，上述五个模块依次连接，最后通过其中的一维数据流组装模块输出。本发明的编解码方法和装置能解决由"0"和"1"构成的二维数据阵列在两个方向上均满足（1，3）RLL约束的二维（1，3）RLL的技术问题。