본 발명은 수질 측정과 같은 수자원 관리를 무인 상태로 수행할 수 있는 무인 보트 운용 시스템 및 그것을 이용한 무인 보트 운용 방법을 개시한다. 개시된 무인 보트 운용 시스템은 항행과 관측 및 통신제어유닛을 각각 구비하여 무인 상태로 자동 운항 및 수자원 정보 획득이 가능한 무인 보트와, 통신망을 통해 그 무인 보트와 통신하며 무인 운항과 수자원 정보 획득을 제어를 수행하는 관제국을 구비한다. 이러한 구성의 무인 보트 운용 시스템 및 운용 방법은 조종자의 육안 관측 범위를 벗어나는 넓은 지역에 대해서도 수자원 정보를 무인 자동 상태에서 정확하고 원활하게 얻어낼 수 있게 해주며, 이를 이용할 경우 수자원 관리의 효율성을 극대화할 수 있고 결과적으로 수자원 개선에 크게 기여할 수 있게 된다.