微生物燃料電池システム（１００）は、電解液（２）の供給口（６１）及び排出口（６２）を有する給排室（６）を備える。また、気相と接触する第一撥水層（４１）と第一撥水層上に重ねられているガス拡散層（４２）とを備える正極（４）と、嫌気性微生物を保持する負極（３）とを有する微生物燃料電池（１）を備え、かつ、給排室の内部に設けられる一又は二以上の発電カセット（１０）を備える。さらに、気相と接触する第二撥水層（１１）を備え、かつ、給排室の内部に設けられる一又は二以上の浄化カセット（２０）を備える。そして、給排室において、発電カセットは電解液が供給口から排出口へと流れる際の上流側に設けられ、浄化カセットは発電カセットよりも下流側に設けられる。