正極が少なくとも硫黄を含む硫黄系正極活物質を有し、負極が少なくともシリコンを含むシリコン系負極活物質又はスズを含むスズ系負極活物質を有する場合において、リチウムイオンの注入及び移動が容易なリチウムイオン二次電池及びその製造方法を提供する。正極３が正極集電体４と少なくとも硫黄（Ｓ）を含む硫黄系正極活物質５とを有し、負極７が負極集電体８と少なくともシリコン（Ｓｉ）を含むシリコン系負極活物質又はスズ（Ｓｎ）を含むスズ系負極活物質９とを有している。正極集電体４が複数の貫通孔を有するアルミニウム箔からなり、負極集電体８が複数の貫通孔を有する銅箔からなり、正極３及び負極７がセパレータ１１を介して重ねられて極板群１３が構成されている。