生体試料から発生する微弱光の画像を取得して３次元画像を構築する３次元画像取得方法は、２次元画像を取得する第１の画像取得を行うこと（Ｓ１）と、第１の画像取得に基づいて露光時間を決定すること（Ｓ２）と、前記生体試料の厚さを取得すること（Ｓ３）と、光軸方向に合焦位置を変更しながら複数の２次元画像を取得する第２の画像取得に許容される許容時間を取得すること（Ｓ４）と、露光時間と生体試料の厚さと許容時間とに基づいて、第２の画像取得におけるステップ幅を決定すること（Ｓ５）と、露光時間とステップ幅とに基づいて第２の画像取得を行うこと（Ｓ６）と、得られた複数の２次元画像に基づいて、３次元画像を構築すること（Ｓ７）とを含む。