본 발명은 세균 메타게놈 분석을 통해 전립선암 및 전립선비대증 등의 전립선질환을 진단하는 방법에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 피검체 유래 샘플을 이용해 세균 메타게놈 분석을 수행하여 특정 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 분석함으로써 전립선암 및 전립선비대증을 진단하는 방법에 관한 것이다. 환경에 존재하는 세균에서 분비되는 세포밖 소포는 체내에 흡수되어 염증 및 암 발생에 직접적인 영향을 미칠 수 있으며, 전립선암 및 전립선비대증 등의 전립선질환은 증상이 나타나기 전 조기진단이 어려워 효율적인 치료가 어려운 실정이므로, 본 발명에 따른 인체 유래 샘플을 이용한 세균 유래 세포밖　소포에 존재하는 유전자에 대하여 메타게놈 분석을 통해 전립선암 및 전립선비대증 발병의 위험도를 미리 예측함으로써 전립선질환의 위험군을 조기에 진단 및 예측하여 적절한 관리를 통해 발병 시기를 늦추거나 발병을 예방할 수 있으며, 전립선비대증 혹은 전립선암 발병 후에도 조기진단 할 수 있어 전립선질환의 발병률을 낮추고 치료효과를 높일 수 있다.