Método y sistema para la eliminación de fósforo, carbono orgánico y nitrógeno mediante biomasa granular aerobia y aeración pulsante. La presente invención se refiere a un método y un sistema para favorecer el desarrollo de organismos acumuladores de biopolímeros, con el objetivo de eliminar fósforo, carbono orgánico y nitrógeno de las aguas residuales industriales o urbanas mediante biomasa granular aerobia y aeración pulsante. El sistema y método emplean un reactor discontinuo secuencia! (SBR) con alimentación-reacción anaerobia o con alimentación sin reacción. La aeración pulsante tiene una frecuencia de segundos.