La presente invención se refiere a un sistema y método de control integrado del proceso de lixiviación en pilas, que permite automatizar las operaciones y optimizar la eficiencia de extracción y luego la recuperación de los metales de interés contenidos en ella, sobre la base de criterios de irrigación hidráulica uniforme y de predicción del comportamiento hidrodinámico e hidrometalúrgico del lecho de minerales en el tiempo. La invención permite además reducir costos operacionales y de mantenimiento de las operaciones, así como también incrementar la seguridad laboral, al generar y asegurar condiciones de operaciones más seguras.