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公开(公告)号：CN116083531A
公开(公告)日：2023-05-09
申请号：CN202310082830.2
申请日：2023-01-18
申请人： 上海交通大学
IPC分类号： C12Q1/6806 , C12Q1/6869 , C40B50/06
摘要： 本发明公开了一种精准分析单细胞APA位点的sc3T‑seq方法，涉及分子生物学和生物信息学领域，oligo(dT)20引物与链霉亲和素的磁珠孵育结合，加入少量起始样本和外源单链DNA，双链cDNA合成，双链cDNA断裂，移除polyA，释放带标签的cDNA，加入具有生物素标记的λ‑DNA，加入羧基磁珠，筛选去除外源cDNA，末端修复、加接头、构建cDNA文库，链霉素亲和磁珠去除生物素标记λDNA，得到纯净的样本文库。本发明降低了起始样品量，使分析APA位点的实验技术能够适用于少量样本甚至单个细胞，对于精准检测、分析细胞特异性的APA有很大的作用。
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公开(公告)号：CN111254192A
公开(公告)日：2020-06-09
申请号：CN202010124590.4
申请日：2020-02-27
申请人： 上海交通大学
IPC分类号： C12Q1/6883 , C12N15/11
摘要： 本发明提供了一种DNA甲基化标志物LPCAT1在制备诊断PCOS试剂盒中的应用，属于生物医药技术领域。本发明首次发现相对于正常组织，LPCAT1基因的表达水平和启动子区DNA甲基化水平在PCOS患者卵巢颗粒细胞中呈现显著性差异，可作为PCOS相关的生物标志物，开发为PCOS诊断检测试剂盒；本发明还通过检测卵巢颗粒细胞样品中的，LPCAT1基因的表达水平和启动子区DNA甲基化水平，可以快速、准确及清楚的确定PCOS的发生。
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公开(公告)号：CN118028489A
公开(公告)日：2024-05-14
申请号：CN202410363181.8
申请日：2024-03-27
申请人： 上海交通大学
IPC分类号： C12Q1/6888 , C12Q1/6869 , C12Q1/6851 , C12Q1/6806 , C12N15/11 , C40B50/06
摘要： 本发明公开了一种分子组合生物标志物及其检测试剂盒，涉及生物技术领域。该分子组合生物标志物为ANXA1基因，LDLR基因和负调控相关的has‑miR‑106a‑5p；其筛选方法为：构建包含甲基化DNA序列的小鼠模型，提取基因组DNA和总RNA，进行DNA甲基化测序、转录组测序、miRNA测序；与临床样品中的测序数据对照，筛选出具有相同趋势的差异表达基因和差异表达的miRNA；miRNA预测的靶基因与差异表达基因联合，筛选出miRNA与mRNA负相关的调控对；检测该分子组合生物标志物的试剂盒及其应用方法。本发明利用高量测序技术，将甲基化组学和转录组学联合，筛选出表达与甲基化呈现负相关的基因。
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公开(公告)号：CN113151462B
公开(公告)日：2023-03-21
申请号：CN202110254925.9
申请日：2021-03-09
申请人： 上海交通大学
IPC分类号： C12Q1/6886 , C12N15/11
摘要： 本发明提供了一种用于诊断肺癌预后的生物标志物，其包括hsa‑miR‑21‑5p，hsa‑miR‑141‑5p和hsa‑miR‑490‑3p。本发明通过对肺癌相关miRNA筛选、靶基因的预测和功能分析，进行了预后模型的构建和风险因子评估，通过肺癌组织及癌旁组织检测验证，筛选出的三种新的miRNA标志物，并完成了肺癌预后模型的构建和临床样品验证，hsa‑miR‑21‑5p，hsa‑miR‑141‑5p，hsa‑miR‑490‑3p作为肺癌预后诊断标志物的应用及其检测试剂盒，可用于准确预后、个性化治疗以及疾病监测等。
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公开(公告)号：CN113151462A
公开(公告)日：2021-07-23
申请号：CN202110254925.9
申请日：2021-03-09
申请人： 上海交通大学
IPC分类号： C12Q1/6886 , C12N15/11
摘要： 本发明提供了一种用于诊断肺癌预后的生物标志物，其包括hsa‑miR‑21‑5p，hsa‑miR‑141‑5p和hsa‑miR‑490‑3p。本发明通过对肺癌相关miRNA筛选、靶基因的预测和功能分析，进行了预后模型的构建和风险因子评估，通过肺癌组织及癌旁组织检测验证，筛选出的三种新的miRNA标志物，并完成了肺癌预后模型的构建和临床样品验证，hsa‑miR‑21‑5p，hsa‑miR‑141‑5p，hsa‑miR‑490‑3p作为肺癌预后诊断标志物的应用及其检测试剂盒，可用于准确预后、个性化治疗以及疾病监测等。
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