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公开(公告)号:CN101570788A
公开(公告)日:2009-11-04
申请号:CN200910052790.7
申请日:2009-06-09
Applicant: 华东师范大学
Abstract: 本发明提供一种通过寡核苷酸多态性(SNP)芯片识别基因型的方法,该方法包括:步骤一,对基因芯片中的光密度信号进行整理降维处理,将每一SNP的计量数据由20维降为2维;步骤二,无指导性分类,用马氏距离初步判别基因型,根据二维数据与零点马氏距离的大小与信号差值中位数的正负情况识别部分SNP基因型;步骤三,指导性分类,若步骤二中不能确定基因型,则利用训练样本的信息进一步判别。本发明的优点在于:降维过程中消除了探针位置因素的影响,降低了数据的变异程度,提高了准确率,初步的无指导归类判别确定了50%以上SNP的基因型,克服了其它方法如CRLMM等计算量太大难以在普通计算机实现的弱点,并保证了在小样本情况下的高准确率。