公开(公告)号：CN105296604A

公开(公告)日：2016-02-03

申请号：CN201410366425.4

申请日：2014-07-29

Applicant: 新疆农业大学

Inventor： 陈全家 ,  曲延英 ,  倪志勇 ,  李月 ,  刘超 ,  康定明

IPC: C12Q1/68 ,  C12N15/29 ,  C07K14/415 ,  C12N15/11 ,  C12N15/53 ,  C12N9/02 ,  C12N15/82

Abstract: 本发明提供了一种确定在棉花纤维发育过程中上调或者下调基因的方法，包括：分别从处于棉纤维发育第一时期和第二时期的样本中获得第一转录组和第二转录组，测序获得第一转录组测序数据和第二转录组测序数据；分别基于第一转录组测序数据和第二转录组测序数据进行一级组装，获得第一和第二一级组装数据；合并第一和第二一级组装数据，利用第一一级组装数据和第二一级组装数据中有重叠的一级基因进行二级组装，获得二级组装数据；基于二级组装数据和参考基因的重叠关系进行三级组装，获得三级组装数据；计算三级组装数据中各三级基因在两样本中的表达量，根据表达量的差异是否显著，获得差异表达基因，确定在棉纤维发育过程中的上调基因或者下调基因。