公开(公告)号：CN108959851A

公开(公告)日：2018-12-07

申请号：CN201810601099.9

申请日：2018-06-12

Applicant: 哈尔滨工程大学

Inventor： 冯伟兴 ,  贺波 ,  陈多娇 ,  王雪莹 ,  南方伯

IPC: G06F19/20

Abstract: 本发明提供一种Illumina高通量测序数据误差校正方法，包括：1、对Illumina测序样本同时进行半导体测序。即在得到样本Illumina测序结果的同时，也获取其半导体测序结果；2、分别将Illumina测序结果和半导体测序结果通过序列比对确定每一测序读数在参考基因组中的位置；3、对同一位置的测序结果进行分析。本发明针对该问题提出了一种Illumina高通量测序数据误差校正方法。该方法利用半导体高通量测序结果中碱基类型不易测错的特点，通过逻辑分析Illumina高通量测序结果、半导体高通量测序结果与参考基因组碱基序列之间的对应关系，实现Illumina高通量测序数据的误差校正。

公开(公告)号：CN104131093A

公开(公告)日：2014-11-05

申请号：CN201410352942.6

申请日：2014-07-23

Applicant: 哈尔滨工程大学

Inventor： 冯伟兴 ,  廉德源 ,  刘晓龙 ,  宋锋飞 ,  贺波

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: G06F19/22 ,  G06F19/28

Abstract: 本发明公开了DNA蛋白结合位点的DNase高通测序检测信号预处理方法。包括以下几个步骤：获取基因基本信息，和DNA蛋白结合位点的DNase-Seq高通测序检测数据和ChIP-Seq高通测序监测数据；对DNase-Seq高通测序检测数据质量评估，筛选出可信测序数据；将每条可信测序数据仅保留直接反映蛋白结合位点的测序起始位置；得到DNase-Seq检测样本数据集合；对DNase-Seq检测样本数据集合进行归一化处理；对DNase-Seq检测样本数据集合进行细分；分别从正面和背面两个方向对两个子集中数据进行纵向求和，完成操作。本发明大幅提高了DNA蛋白结合位点的识别精度和识别分辨率。

公开(公告)号：CN102120998B

公开(公告)日：2013-08-28

申请号：CN201010588128.6

申请日：2010-12-15

Applicant: 哈尔滨工程大学

Inventor： 冯伟兴 ,  王科俊 ,  贺波

IPC: C12N15/09

Abstract: 本发明提供的是一种感知细胞中作用转录因子的方法。设计模型计算转录因子在基因启动子上的结合值，再分别计算转录因子在基因启动子上结合值与基因表达的相关程度值；当对特定转录因子，假定甲基化抑制转录因子结合得到的相关程度值大于不考虑甲基化作用得到的相关程度值，且考虑甲基化促进转录因子结合得到的相关程度值小于不考虑甲基化作用得到的相关程度值，则为该转录因子在该细胞中存在并对基因表达进行调控。本发明可用于判定基因启动子上转录因子的结合情况，能有效解决感知细胞中作用转录因子仅能通过实验手段导致的成本高，效率低的问题。

公开(公告)号：CN102622534A

公开(公告)日：2012-08-01

申请号：CN201210104293.9

申请日：2012-04-11

Applicant: 哈尔滨工程大学

Inventor： 冯伟兴 ,  贺波 ,  栾兴桃 ,  王科俊

IPC: G06F19/20

Abstract: 本发明属于分子生物信息检测领域。具体是一种提高DNA高通测序获取基因表达检测数据准确性的校正方法。该发明包括下列步骤：(1)采集基因表达DNA测序检测数据，建立基因表达DNA高通测序检测数据校正模型；(2)采集基因芯片测量的基因表达值；(3)采用相关分析确定基因表达高通测序校正模型中的模型参数；(4)确定模型参数值后的基因表达DNA高通测序检测数据校正模型生成校正后的基因表达值。本发明利用校正模型对DNA测序值存在的序列比对映射误差进行估算和补偿，减小了检测误差，在充分发挥DNA高通测序检测数据高分辨率、高精度的基础上，有效提高检测的准确性。