公开(公告)号：US08071755B2

公开(公告)日：2011-12-06

申请号：US12098196

申请日：2008-04-04

申请人： J. William Efcavitch ,  Suhaib Siddiqi ,  Philip R. Buzby ,  Judith Mitchell ,  Edyta Krzymanska-Olejnik ,  Subramanian Marappan ,  Xiaopeng Bai ,  Atanu Roy ,  Mirna Jarosz ,  Jayson Bowers

发明人： J. William Efcavitch ,  Suhaib Siddiqi ,  Philip R. Buzby ,  Judith Mitchell ,  Edyta Krzymanska-Olejnik ,  Subramanian Marappan ,  Xiaopeng Bai ,  Atanu Roy ,  Mirna Jarosz ,  Jayson Bowers

IPC分类号： C07H21/00

CPC分类号： C07H21/04

摘要： The invention provides for nucleotide analogs and methods of using the same, e.g., for sequencing nucleic acids.

摘要翻译： 本发明提供核苷酸类似物及其使用方法，例如用于测序核酸。

公开(公告)号：US20120040340A1

公开(公告)日：2012-02-16

申请号：US13283220

申请日：2011-10-27

申请人： J. William Efcavitch ,  Suhaib Siddiqi ,  Philip R. Buzby ,  Judith Mitchell ,  Edyta Krzymanska-Olejnik ,  Subramanian Marappan ,  Xiaopeng Bai ,  Atanu Roy ,  Mirna Jarosz ,  Jayson Bowers

发明人： J. William Efcavitch ,  Suhaib Siddiqi ,  Philip R. Buzby ,  Judith Mitchell ,  Edyta Krzymanska-Olejnik ,  Subramanian Marappan ,  Xiaopeng Bai ,  Atanu Roy ,  Mirna Jarosz ,  Jayson Bowers

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H19/14 ,  C07H19/10 ,  C07K9/00

CPC分类号： C07H21/04

摘要： The invention provides for nucleotide analogs and methods of using the same, e.g., for sequencing nucleic acids.

摘要翻译： 本发明提供核苷酸类似物及其使用方法，例如用于测序核酸。

公开(公告)号：US20090061437A1

公开(公告)日：2009-03-05

申请号：US12098196

申请日：2008-04-04

申请人： J. William Efcavitch ,  Suhaib Siddiqi ,  Philip R. Buzby ,  Judith Mitchell ,  Edyta Krzymanska-Olejnik ,  Subramanian Marappan ,  Xiaopeng Bai ,  Atanu Roy ,  Mirna Jarosz ,  Jayson Bowers

发明人： J. William Efcavitch ,  Suhaib Siddiqi ,  Philip R. Buzby ,  Judith Mitchell ,  Edyta Krzymanska-Olejnik ,  Subramanian Marappan ,  Xiaopeng Bai ,  Atanu Roy ,  Mirna Jarosz ,  Jayson Bowers

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H19/04

CPC分类号： C07H21/04

摘要： The invention provides for nucleotide analogs and methods of using the same, e.g., for sequencing nucleic acids.

摘要翻译： 本发明提供核苷酸类似物及其使用方法，例如用于测序核酸。

公开(公告)号：US20080103053A1

公开(公告)日：2008-05-01

申请号：US11803339

申请日：2007-05-14

申请人： Suhaib Siddiqi ,  Hernan Orgueira ,  Edyta Krzymanska-Olejnik ,  Subramanian Marappan ,  Philip R. Buzby ,  Atanu Roy

发明人： Suhaib Siddiqi ,  Hernan Orgueira ,  Edyta Krzymanska-Olejnik ,  Subramanian Marappan ,  Philip R. Buzby ,  Atanu Roy

IPC分类号： C40B20/04 ,  C07H21/04

CPC分类号： C07H21/04

摘要： The invention provides a family of tethered nucleotide analogs useful in sequencing nucleic acids containing a homopolymer region comprising, for example, two or more base repeats, and to sequencing methods using such tethered nucleotide analogs.

摘要翻译： 本发明提供了可用于测序含有包含例如两个或更多个碱基重复序列的均聚物区域的核酸的系链核苷酸类似物家族，以及使用这种系链核苷酸类似物的测序方法。

公开(公告)号：US07994304B2

公开(公告)日：2011-08-09

申请号：US11929084

申请日：2007-10-30

申请人： Suhaib Siddiqi ,  Hernan Orgueira ,  Edyta Olejnik ,  Subramanian Marappan ,  Philip R. Buzby ,  Atanu Roy

发明人： Suhaib Siddiqi ,  Hernan Orgueira ,  Edyta Olejnik ,  Subramanian Marappan ,  Philip R. Buzby ,  Atanu Roy

IPC分类号： C07H21/04

CPC分类号： C07H21/04

摘要： The invention provides a family of tethered nucleotide analogs useful in sequencing nucleic acids containing a homopolymer region comprising, for example, two or more base repeats, and to sequencing methods using such tethered nucleotide analogs.

摘要翻译： 本发明提供了可用于测序含有例如两个或多个碱基重复序列的均聚物区域的核酸的拴系核苷酸类似物家族，以及使用这种拴系的核苷酸类似物的测序方法。

公开(公告)号：US20080227970A1

公开(公告)日：2008-09-18

申请号：US11929084

申请日：2007-10-30

申请人： Suhaib Siddiqi ,  Hernan Orgueira ,  Edyta Kvzymanska-Olejnik ,  Subramanian Marappan ,  Philip R. Buzby ,  Atanu Roy

发明人： Suhaib Siddiqi ,  Hernan Orgueira ,  Edyta Kvzymanska-Olejnik ,  Subramanian Marappan ,  Philip R. Buzby ,  Atanu Roy

IPC分类号： C07H19/04

CPC分类号： C07H21/04

摘要： The invention provides a family of tethered nucleotide analogs useful in sequencing nucleic acids containing a homopolymer region comprising, for example, two or more base repeats, and to sequencing methods using such tethered nucleotide analogs.

摘要翻译： 本发明提供了可用于测序含有包含例如两个或更多个碱基重复序列的均聚物区域的核酸的系链核苷酸类似物家族，以及使用这种系链核苷酸类似物的测序方法。

公开(公告)号：US20080246949A1

公开(公告)日：2008-10-09

申请号：US11928727

申请日：2007-10-30

申请人： Timothy D. Harris ,  Philip R. Buzby ,  Mirna Jarosz ,  Jaime Gill ,  Howard Weiss ,  Stanley N. Lapidus

发明人： Timothy D. Harris ,  Philip R. Buzby ,  Mirna Jarosz ,  Jaime Gill ,  Howard Weiss ,  Stanley N. Lapidus

IPC分类号： G01J3/00 ,  G01N21/00 ,  G01J3/30

CPC分类号： G01N21/645 ,  G01J3/10 ,  G01J3/36 ,  G01J3/4406 ,  G01N21/552 ,  G01N21/6428 ,  G01N21/6456 ,  G01N2021/6419 ,  G01N2021/6421 ,  G02B21/16 ,  G02B2207/113

摘要： In one aspect the invention relates to an apparatus for analyzing the presence of a single molecule using total internal reflection. In one embodiment an apparatus for single molecule analysis includes a support having a sample located thereon; two sources of light at distinct wavelengths, a collimator for directing the light onto the sample through a total internal reflection objective; a receiver for receiving a fluorescent emission produced by a single molecule in the sample in response to the light; and a detector for detecting each of the wavelengths in the fluorescent emission. In another embodiment the apparatus further comprises a focusing laser for maintaining focus of the objective on the sample.

摘要翻译： 一方面，本发明涉及一种使用全内反射来分析单个分子的存在的装置。 在一个实施方案中，用于单分子分析的装置包括具有位于其上的样品的载体; 两个不同波长的光源，用于通过全内反射物镜将光引导到样品上的准直器; 接收器，用于响应于光接收由样品中的单个分子产生的荧光发射; 以及用于检测荧光发射中的每个波长的检测器。 在另一个实施例中，该装置还包括聚焦激光器，用于保持物体在样本上的焦点。

公开(公告)号：US20100203524A1

公开(公告)日：2010-08-12

申请号：US12609543

申请日：2009-10-30

申请人： J. William Efcavitch ,  Jayson L. Bowers ,  Philip R. Buzby ,  John F. Thompson

发明人： J. William Efcavitch ,  Jayson L. Bowers ,  Philip R. Buzby ,  John F. Thompson

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12N9/10

CPC分类号： C12P19/34 ,  C12N9/1241 ,  C12Q1/6869

摘要： The invention generally relates to polymerases for efficient and controlled sequencing-by-synthesis reactions. In certain embodiments, the invention provides a polymerase enzyme including at least one mutation that enhances ability of the polymerase as compared to a wild-type polymerase to incorporate a nucleotide into a nascent strand of DNA or cDNA including at least one modified nucleotide.

摘要翻译： 本发明一般涉及用于有效和控制的合成反应的聚合酶。 在某些实施方案中，本发明提供了聚合酶，其包括与野生型聚合酶相比增强聚合酶能力的至少一个突变，以将核苷酸掺入包含至少一个修饰的核苷酸的DNA或cDNA的新生链中。

公开(公告)号：US07413893B2

公开(公告)日：2008-08-19

申请号：US10864086

申请日：2004-06-09

申请人： Mack J. Schermer ,  Mark Norman Bobrow ,  Philip R. Buzby ,  Thomas R. Mullinax

发明人： Mack J. Schermer ,  Mark Norman Bobrow ,  Philip R. Buzby ,  Thomas R. Mullinax

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12M1/34

CPC分类号： G01N21/253 ,  B01L9/50 ,  G01N21/7743

摘要： The invention provides an apparatus for interrogating an optical biosensor. The apparatus includes (a) locating means for positioning one or more optical biosensors; (b) calibration means for generating a reference measurement; (c) one or more biosensors for generating one or more sample measurements, the biosensors being substantially planar and removable from the apparatus; (d) a reading means for interrogating biosensor and calibration means, and (e) a transport means for moving one or more of a biosensor, the calibration means and the reading means, whereby the reading means is positioned to interrogate the biosensor and the calibration means.

摘要翻译： 本发明提供一种询问光学生物传感器的装置。 该装置包括（a）用于定位一个或多个光学生物传感器的定位装置; （b）用于产生参考测量的校准装置; （c）用于产生一个或多个样品测量的一个或多个生物传感器，所述生物传感器基本上是平面的并且可从所述设备移除; （d）用于询问生物传感器和校准装置的读取装置，以及（e）用于移动生物传感器，校准装置和读取装置中的一个或多个的传送装置，由此读取装置被定位成询问生物传感器和校准 手段。

公开(公告)号：US20100173363A1

公开(公告)日：2010-07-08

申请号：US11928682

申请日：2007-10-30

申请人： Philip R. Buzby

发明人： Philip R. Buzby

IPC分类号： C12P19/34 ,  C12N9/96

CPC分类号： C12Q1/6869 ,  C12Q2522/101

摘要： The invention provides methods for stabilizing a nucleic acid sequencing reaction. Generally, methods of the invention include exposing a target nucleic acid to a single-stranded nucleic acid binding protein and performing a sequencing reaction.

摘要翻译： 本发明提供了稳定核酸测序反应的方法。 通常，本发明的方法包括将靶核酸暴露于单链核酸结合蛋白并进行测序反应。