公开(公告)号：US06627414B2

公开(公告)日：2003-09-30

申请号：US09050516

申请日：1998-03-30

申请人： Patricia A. Billing-Medel ,  Maurice Cohen ,  Tracey L. Colpitts ,  Paula N. Friedman ,  Julian Gordon ,  Edward N. Granados ,  Mark A. Hayden ,  Steven C. Hodges ,  Michael R. Klass ,  Jon D. Kratochvil ,  Lisa Roberts-Rapp ,  John C. Russell ,  Stephen D. Stroupe

发明人： Patricia A. Billing-Medel ,  Maurice Cohen ,  Tracey L. Colpitts ,  Paula N. Friedman ,  Julian Gordon ,  Edward N. Granados ,  Mark A. Hayden ,  Steven C. Hodges ,  Michael R. Klass ,  Jon D. Kratochvil ,  Lisa Roberts-Rapp ,  John C. Russell ,  Stephen D. Stroupe

IPC分类号： C12P2106

CPC分类号： G01N33/6893 ,  C07K14/47 ,  C07K16/3046 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/136 ,  G01N2800/06 ,  Y10S435/81 ,  Y10S530/828

摘要： A set of contiguous and partially overlapping cDNA sequences and polypeptides encoded thereby, designated as CS 198 and transcribed from GI tract tissue, is described. These sequences are useful for detecting, diagnosing, staging, monitoring, prognosticating, preventing or treating, or determining the predisposition of an individual to diseases and conditions of the GI tract, such as GI tract cancer. Also provided are antibodies which specifically bind to CS 198-encoded polypeptide or protein, and agonists or inhibitors which prevent action of the tissue-specific CS 198 polypeptide, which molecules are useful for the therapeutic treatment of GI tract diseases, tumors or metastases.

摘要翻译： 描述了一组连续的和部分重叠的cDNA序列和由此编码的多肽，命名为CS 198并从胃肠道组织转录。 这些序列可用于检测，诊断，分期，监测，预后，预防或治疗或确定个体对胃肠道疾病和病症（例如胃肠道癌）的倾向。 还提供了特异性结合CS 198编码的多肽或蛋白质的抗体以及预防组织特异性CS 198多肽的作用的激动剂或抑制剂，该分子可用于治疗GI道疾病，肿瘤或转移瘤的治疗。

公开(公告)号：US07087393B2

公开(公告)日：2006-08-08

申请号：US10646873

申请日：2003-08-22

申请人： Patricia A. Billing-Medel ,  Maurice Cohen ,  Tracey L. Colpitts ,  Paula N. Friedman ,  Julian Gordon ,  Edward N. Granados ,  Mark A. Hayden ,  Steven C. Hodges ,  Michael R. Klass ,  Jon D. Kratochvil ,  Lisa Roberts-Rapp ,  John C. Russell ,  Stephen D. Stroupe

发明人： Patricia A. Billing-Medel ,  Maurice Cohen ,  Tracey L. Colpitts ,  Paula N. Friedman ,  Julian Gordon ,  Edward N. Granados ,  Mark A. Hayden ,  Steven C. Hodges ,  Michael R. Klass ,  Jon D. Kratochvil ,  Lisa Roberts-Rapp ,  John C. Russell ,  Stephen D. Stroupe

IPC分类号： G01N33/53 ,  C07K14/00

CPC分类号： G01N33/6893 ,  C07K14/47 ,  C07K16/3046 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/136 ,  G01N2800/06 ,  Y10S435/81 ,  Y10S530/828

摘要： A set of contiguous and partially overlapping cDNA sequences and polypeptides encoded thereby, designated as CS198 and transcribed from GI tract tissue, is described. These sequences are useful for detecting, diagnosing, staging, monitoring, prognosticating, preventing or treating, or determining the predisposition of an individual to diseases and conditions of the GI tract, such as GI tract cancer. Also provided are antibodies which specifically bind to CS198-encoded polypeptide or protein, and agonists or inhibitors which prevent action of the tissue-specific CS198 polypeptide, which molecules are useful for the therapeutic treatment of GI tract diseases, tumors or metastases.

摘要翻译： 描述了一组连续和部分重叠的cDNA序列和由此编码的多肽，命名为CS198并从胃肠道组织转录。 这些序列可用于检测，诊断，分期，监测，预后，预防或治疗或确定个体对胃肠道疾病和病症（例如胃肠道癌）的倾向。 还提供了特异性结合CS198编码的多肽或蛋白质的抗体，以及预防组织特异性CS198多肽的作用的激动剂或抑制剂，该分子可用于胃肠道疾病，肿瘤或转移瘤的治疗性治疗。

公开(公告)号：US06660834B2

公开(公告)日：2003-12-09

申请号：US10278547

申请日：2002-10-23

申请人： Patricia A. Billing-Medel ,  Maurice Cohen ,  Tracey L. Colpitts ,  Paula N. Friedman ,  Julian Gordon ,  Edward N. Granados ,  Mark A. Hayden ,  Steven C. Hodges ,  Michael R. Klass ,  Jon D. Kratochvil ,  Lisa Roberts-Rapp ,  John C. Russell ,  Stephen D. Stroupe

发明人： Patricia A. Billing-Medel ,  Maurice Cohen ,  Tracey L. Colpitts ,  Paula N. Friedman ,  Julian Gordon ,  Edward N. Granados ,  Mark A. Hayden ,  Steven C. Hodges ,  Michael R. Klass ,  Jon D. Kratochvil ,  Lisa Roberts-Rapp ,  John C. Russell ,  Stephen D. Stroupe

IPC分类号： C07K1447

CPC分类号： G01N33/6893 ,  C07K14/47 ,  C07K16/3046 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/136 ,  G01N2800/06 ,  Y10S435/81 ,  Y10S530/828

摘要： A set of contiguous and partially overlapping cDNA sequences and polypeptides encoded thereby, designated as CS198 and transcribed from GI tract tissue, is described. These sequences are useful for detecting, diagnosing, staging, monitoring, prognosticating, preventing or treating, or determining the predisposition of an individual to diseases and conditions of the GI tract, such as GI tract cancer. Also provided are antibodies which specifically bind to CS198-encoded polypeptide or protein, and agonists or inhibitors which prevent action of the tissue-specific CS198 polypeptide, which molecules are useful for the therapeutic treatment of GI tract diseases, tumors or metastases.

摘要翻译： 描述了一组连续和部分重叠的cDNA序列和由此编码的多肽，命名为CS198并从胃肠道组织转录。 这些序列可用于检测，诊断，分期，监测，预后，预防或治疗或确定个体对胃肠道疾病和病症（例如胃肠道癌）的倾向。 还提供了特异性结合CS198编码的多肽或蛋白质的抗体，以及预防组织特异性CS198多肽的作用的激动剂或抑制剂，该分子可用于胃肠道疾病，肿瘤或转移瘤的治疗性治疗。

公开(公告)号：US06867016B1

公开(公告)日：2005-03-15

申请号：US09052855

申请日：1998-03-31

申请人： Patricia A. Billing-Medel ,  Maurice Cohen ,  Tracey L. Colpitts ,  Paula N. Friedman ,  Julian Gordon ,  Edward N. Granados ,  Mark A. Hayden ,  Steven C. Hodges ,  Michael R. Klass ,  Jon D. Kratochvil ,  John C. Russell ,  Stephen D. Stroupe

发明人： Patricia A. Billing-Medel ,  Maurice Cohen ,  Tracey L. Colpitts ,  Paula N. Friedman ,  Julian Gordon ,  Edward N. Granados ,  Mark A. Hayden ,  Steven C. Hodges ,  Michael R. Klass ,  Jon D. Kratochvil ,  John C. Russell ,  Stephen D. Stroupe

IPC分类号： G01N33/50 ,  A61K38/00 ,  A61K39/395 ,  A61P35/00 ,  C07K14/47 ,  C07K16/18 ,  C07K16/30 ,  C12N5/10 ,  C12N15/09 ,  C12P21/02 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/15 ,  G01N33/53 ,  G01N33/566 ,  C07H21/04 ,  C12N15/00

CPC分类号： C07K16/3046 ,  A61K38/00 ,  C07K14/47 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/136 ,  C12Q2600/158

摘要： A set of contiguous and partially overlapping cDNA sequences and polypeptides encoded thereby, designated as CS141 and transcribed from GI tract tissue, is described. These sequences are useful for the detecting, diagnosing, staging, monitoring, prognosticating, preventing or treating, or determining the predisposition of an individual to diseases and conditions of the GI tract, such as GI tract cancer. Also provided are antibodies which specifically bind to CS141-encoded polypeptide or protein, and agonists or inhibitors which prevent action of the tissue-specific CS141 polypeptide, which molecules are useful for the therapeutic treatment of GI tract diseases, tumors or metastases.

摘要翻译： 描述了一组连续且部分重叠的cDNA序列和由此编码的多肽，命名为CS141并从胃肠道组织转录。 这些序列可用于检测，诊断，分期，监测，预后，预防或治疗或确定个体对胃肠道疾病和病症（例如胃肠道癌）的倾向。 还提供了特异性结合CS141编码的多肽或蛋白质的抗体以及预防组织特异性CS141多肽的作用的激动剂或抑制剂，该分子可用于治疗GI道疾病，肿瘤或转移瘤的治疗。

公开(公告)号：US20110262924A1

公开(公告)日：2011-10-27

申请号：US13140271

申请日：2009-12-18

申请人： Mark A. Hayden ,  Thomas G. Laffler

发明人： Mark A. Hayden ,  Thomas G. Laffler

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6818

摘要： The invention is directed to compositions, methods and kits for HIV subtypes in a test sample, wherein target sequence are amplified. The amplified target sequences are then analyzed by any number of mass spectrometric techniques, which data are queried against a database of base composition signatures of HIV subtypes.

摘要翻译： 本发明涉及测试样品中HIV亚型的组合物，方法和试剂盒，其中靶序列被扩增。 然后通过任何数量的质谱技术分析扩增的靶序列，该数据被查询到HIV亚型的基本组成特征的数据库。

公开(公告)号：US07026120B2

公开(公告)日：2006-04-11

申请号：US10122568

申请日：2002-04-15

申请人： Mark A. Hayden

发明人： Mark A. Hayden

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q1/686 ,  C12Q2600/158

摘要： Probes are provided that are useful for detecting CK19 target sequence in a test sample.

公开(公告)号：US09416409B2

公开(公告)日：2016-08-16

申请号：US12847788

申请日：2010-07-30

申请人： Mark A. Hayden

发明人： Mark A. Hayden

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  G06F19/22

CPC分类号： C12Q1/6869 ,  C12Q1/686 ,  G06F19/22 ,  C12Q2565/519 ,  C12Q2565/518 ,  C12Q2563/185

摘要： The present invention provides systems, methods, and compositions for performing molecular tests. In particular, the present invention provides methods, compositions and systems for generating target sequence-linked solid supports (e.g., beads) using a solid support linked to a plurality of capture sequences and capture primers composed of a 3′ target-specific portion and a 5′ capture sequence portion. In certain embodiments, the target sequence linked solid support is used in sequencing methods (e.g., pyrosequencing, zero-mode waveguide type sequencing, nanopore sequencing, etc.) to determine the sequence of the target sequence (e.g., in order to detect the identity of a target nucleic acid in sample).

摘要翻译： 本发明提供用于进行分子测试的系统，方法和组合物。 特别地，本发明提供了使用连接到多个捕获序列的固体支持物并捕获由3'靶标特异性部分组成的引物和用于产生靶序列连接的固体支持物（例如珠粒）的方法，组合物和系统， 5'捕获序列部分。 在某些实施方案中，靶序列连接的固体支持物用于测序方法（例如，焦磷酸测序，零模式波导型测序，纳米孔测序等）以确定靶序列的序列（例如，为了检测身份 的样品中的靶核酸）。

公开(公告)号：US20110028334A1

公开(公告)日：2011-02-03

申请号：US12847788

申请日：2010-07-30

申请人： Mark A. Hayden

发明人： Mark A. Hayden

IPC分类号： C40B30/02 ,  C12Q1/68 ,  C12M1/34 ,  C40B60/12

CPC分类号： C12Q1/6869 ,  C12Q1/686 ,  G06F19/22 ,  C12Q2565/519 ,  C12Q2565/518 ,  C12Q2563/185

摘要： The present invention provides systems, methods, and compositions for performing molecular tests. In particular, the present invention provides methods, compositions and systems for generating target sequence-linked solid supports (e.g., beads) using a solid support linked to a plurality of capture sequences and capture primers composed of a 3′ target-specific portion and a 5′ capture sequence portion. In certain embodiments, the target sequence linked solid support is used in sequencing methods (e.g., pyrosequencing, zero-mode waveguide type sequencing, nanopore sequencing, etc.) to determine the sequence of the target sequence (e.g., in order to detect the identity of a target nucleic acid in sample).

摘要翻译： 本发明提供用于进行分子测试的系统，方法和组合物。 特别地，本发明提供了使用连接到多个捕获序列的固体支持物并捕获由3'靶标特异性部分组成的引物和用于产生靶序列连接的固体支持物（例如珠粒）的方法，组合物和系统， 5'捕获序列部分。 在某些实施方案中，靶序列连接的固体支持物用于测序方法（例如，焦磷酸测序，零模式波导型测序，纳米孔测序等）以确定靶序列的序列（例如，为了检测身份 的样品中的靶核酸）。

公开(公告)号：US20110207143A1

公开(公告)日：2011-08-25

申请号：US13126362

申请日：2009-12-18

申请人： Mark A. Hayden ,  Thomas G. Laffler

发明人： Mark A. Hayden ,  Thomas G. Laffler

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2565/627 ,  C12Q2600/156

摘要： The invention is directed to compositions, methods and kits for diagnosing cancers and tumors correlated with mutations in codons 12 and 13 of human K-RAS using primers that amplify target sequences. The amplified target sequences are then analyzed by any number of mass spectrometric techniques, which data are queried against a database of base composition signatures of K-RAS mutations in codons 12 and 13.

摘要翻译： 本发明涉及使用扩增靶序列的引物来诊断与人K-RAS的密码子12和13的突变相关的癌症和肿瘤的组合物，方法和试剂盒。 然后通过任何数量的质谱技术分析扩增的靶序列，该数据查询密码子12和13中的K-RAS突变的基本组成特征的数据库。

公开(公告)号：US20080160533A1

公开(公告)日：2008-07-03

申请号：US11998321

申请日：2007-11-29

申请人： Mark A. Hayden ,  Jeffrey B. Huff ,  William E. Murray

发明人： Mark A. Hayden ,  Jeffrey B. Huff ,  William E. Murray

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6883 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156

摘要： A method for classifying cancer patients as likely to have lower response to MET receptor antagonist therapy comprises assessment of the presence or absence of a single nucleotide polymorphism in the MET promoter in a patient tissue sample. The invention provides more effective identification of patients to receive MET receptor antagonist therapy.

摘要翻译： 用于对癌症患者进行分类可能对MET受体拮抗剂治疗反应较低的方法包括评估患者组织样品中MET启动子中单核苷酸多态性的存在或不存在。 本发明提供更有效的鉴定患者接受MET受体拮抗剂治疗。