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    Minor groove binder phosphoramidites and methods of use
    1.
    发明授权
    Minor groove binder phosphoramidites and methods of use 有权
    次槽粘合剂亚磷酰胺及其使用方法

    公开(公告)号：US09056887B2

    公开(公告)日：2015-06-16

    申请号：US13556513

    申请日：2012-07-24

    申请人： Alexei Vorobiev ,  Eugeny A. Lukhtanov

    发明人： Alexei Vorobiev ,  Eugeny A. Lukhtanov

    IPC分类号： C07H21/00 ,  C07F9/02 ,  C07D403/00 ,  C07F9/547 ,  C07F9/6506 ,  C07F9/6558 ,  C07F9/6561 ,  C07D235/18 ,  C07D403/04 ,  C07D519/00

    CPC分类号： C07H21/00 ,  C07D235/18 ,  C07D403/04 ,  C07D519/00 ,  C07F9/65068 ,  C07F9/65583 ,  C07F9/6561 ,  Y02P20/55

    摘要： Minor groove binder phosphoramidites having the formula M-L-PA, wherein M is a minor groove binder comprising a protected heteroaromatic amine, L is a linker, and PA is a phosphoramidite group, have been synthesized. Preferred methods of synthesis include synthesizing a minor groove binder intermediate containing a transiently protected hydroxyl group, protecting heteroaromatic amines of the corresponding minor groove binder intermediate as carbamate intermediates, reacting the carbamate intermediate to remove the transient protecting group to yield carbamate-protected minor groove binder agent as an intermediate with a free hydroxyl group, and converting the intermediate with a free hydroxyl group to the desired minor groove binder phosphoramidite. These minor groove binder phosphoramidites are useful in the preparation of oligonucleotide conjugates, particularly those for use as probes and primers. In preferred methods, an oligonucleotide sequence is synthesized using nucleoside phosphoramidites and the minor groove binder phosphoramidite is incorporated into the oligonucleotide sequence to form a protected oligonucleotide-minor groove binder conjugate. Then, deprotection produces the oligonucleotide-minor groove binder.

    摘要翻译： 具有式M-L-PA的次槽粘合剂亚磷酰胺，其中M是包含被保护的杂芳族胺的小沟粘合剂，L是接头，PA是亚磷酰胺基团。 优选的合成方法包括合成含有瞬时保护的羟基的小沟粘合剂中间体，保护相应的小沟粘合剂中间体的杂芳族胺作为氨基甲酸酯中间体，使氨基甲酸酯中间体反应以除去瞬时保护基团以产生氨基甲酸酯保护的小槽粘合剂 作为具有游离羟基的中间体，并将具有游离羟基的中间体转化为所需的小沟结合剂亚磷酰胺。 这些小沟粘结剂亚磷酰胺可用于制备寡核苷酸缀合物，特别是用作探针和引物的寡核苷酸缀合物。 在优选的方法中，使用核苷亚磷酰胺合成寡核苷酸序列，并将小沟粘合剂亚磷酰胺掺入寡核苷酸序列中以形成受保护的寡核苷酸 - 小沟粘合剂缀合物。 然后，脱保护产生寡核苷酸 - 小沟结合剂。

    FUNCTIONALIZED 3-ALKYNYL PYRAZOLOPYRIMIDINE ANALOGUES AS UNIVERSAL BASES AND METHODS OF USE
    2.
    发明申请
    FUNCTIONALIZED 3-ALKYNYL PYRAZOLOPYRIMIDINE ANALOGUES AS UNIVERSAL BASES AND METHODS OF USE 有权
    功能性3-烷基亚氨基吡嗪类似物作为通用基础和使用方法

    公开(公告)号：US20120244535A1

    公开(公告)日：2012-09-27

    申请号：US13429273

    申请日：2012-03-23

    申请人： Alexei Vorobiev ,  Eugeny A. Lukhtanov ,  Noah Scarr

    发明人： Alexei Vorobiev ,  Eugeny A. Lukhtanov ,  Noah Scarr

    IPC分类号： C07H21/00 ,  C12P19/34 ,  C12Q1/68

    CPC分类号： C12Q1/6853 ,  C12Q1/6846 ,  C12Q2525/117

    摘要： 3-alkynyl inosine analogs and their uses as universal bases are provided. The inosine analogues can be incorporated into nucleic acid primers and probes. They do not significantly destabilize nucleic acid duplexes. As a result, the novel nucleic acid primers and probes incorporating the inosine analogues can be used in a variety of methods. The analogs function unexpectedly well as universal bases. Not only do they stabilize duplexes substantially more than hypoxanthine opposite A, C, T, and G but they are also recognized in primers by polymerases, allowing efficient amplification.

    摘要翻译： 提供3-炔基肌苷类似物及其作为通用碱基的用途。 肌苷类似物可以并入核酸引物和探针中。 它们不会使核酸双链体显着不稳定。 因此，结合肌苷类似物的新型核酸引物和探针可以以多种方法使用。 类似物作为普遍基础出人意料地起作用。 它们不仅能够稳定双链体，而且与A，C，T和G相反的次黄嘌呤稳定，而且在引物中也被聚合酶识别，从而进行有效的扩增。

    METHODS FOR TRUE ISOTHERMAL STRAND DISPLACEMENT AMPLIFICATION
    5.
    发明申请
    METHODS FOR TRUE ISOTHERMAL STRAND DISPLACEMENT AMPLIFICATION 审中-公开
    真正的等温线偏移放大的方法

    公开(公告)号：US20140255928A1

    公开(公告)日：2014-09-11

    申请号：US14202637

    申请日：2014-03-10

    申请人： Elitech Holding B.V.

    发明人： Yevgeniy S. Belousov ,  Boris Alabeyev ,  Noah Scarr

    IPC分类号： C12Q1/68

    CPC分类号： C12Q1/6844 ,  C12Q2521/307 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2531/119

    摘要： Methods, primers and probes are provided for the isothermal amplification and detection, without denaturation, of double stranded nucleic acid targets for polymerase strand displacement amplification (“iSDA”). The methods and compositions disclosed are highly specific for nucleic acid targets with high sensitivity, specificity and speed that allow detection of clinical relevant target levels. The methods and compositions can easily be used to amplify or detect nucleic acid targets in biological samples.

    摘要翻译： 提供了方法，引物和探针，用于等温扩增和检测，不变性，用于聚合酶链置换扩增（“iSDA”）的双链核酸靶标。 所公开的方法和组合物对于具有高灵敏度，特异性和速度的核酸靶标是高度特异性的，其允许检测临床相关靶标水平。 方法和组合物可以容易地用于扩增或检测生物样品中的核酸靶标。

    Negatively charged minor groove binders
    8.
    发明授权
    Negatively charged minor groove binders 有权
    带负电荷的小槽粘合剂

    公开(公告)号：US07851606B2

    公开(公告)日：2010-12-14

    申请号：US12541884

    申请日：2009-08-14

    申请人： Eugeny A. Lukhtanov ,  Nicolaas M. J. Vermeulen ,  Alexander A. Gall

    发明人： Eugeny A. Lukhtanov ,  Nicolaas M. J. Vermeulen ,  Alexander A. Gall

    IPC分类号： C07H21/04 ,  C07C309/00

    CPC分类号： C07H21/04 ,  C07H21/00

    摘要： The present invention provides a negatively charged minor groove binding compound, oligonucleotide conjugates comprising the same, and methods for using the same. The negatively charged minor groove binding compounds of the present invention comprises an acidic moiety that is capable of being ionized under physiological conditions. In particular, the negatively charged minor groove binding compound of the present invention comprises a binding moiety that binds preferentially into a minor groove of a double, triple or higher stranded DNA, RNA, PNA or hybrids thereof. The binding moiety comprises at least one aryl moiety and an acidic moiety which is covalently attached to a phenyl portion of the aryl moiety or to a heteroatom of a heteroaryl portion of the aryl moiety.

    摘要翻译： 本发明提供带负电荷的小沟结合化合物，包含其的寡核苷酸缀合物及其使用方法。 本发明的带负电荷的小沟结合化合物包含能够在生理条件下电离的酸性部分。 特别地，本发明的带负电荷的小沟结合化合物包含优先结合双重，三重或更高链DNA，RNA，PNA或其杂交体的小沟的结合部分。 结合部分包含至少一个芳基部分和酸性部分，其共价连接到芳基部分的苯基部分或芳基部分的杂芳基部分的杂原子。