公开了一种具有高形状精度的微结构的制造方法及其制造系统。在具有预定定位精度和大行程的粗动工作台(51)上，设置有具有小行程和高于粗动工作台(51)定位精度的微动工作台(52)。首先，移动粗动工作台(51)至要求的位置。利用设置在激光长度测量机(64)上的镜子(55)和微动工作台(52)，高精度地测量在微动工作台(52)上的薄膜元件(25)的当前位置。激光长度测量机(64)的测量值反馈到工作台控制装置(61)。通过误差校正单元(64)计算当前位置和目标位置之间的误差。因此，产生误差校正值。并且利用误差校正值移动微动工作台(52)到目标位置。从而校正粗动工作台(51)的误差。