蛋白质阵列芯片的传感方法及其检测系统，属于生物技术领域。本发明的目的在于克服现有技术通量低，提供一种时域相位调制干涉表面等离子体共振阵列生物传感的方法及系统，可以无需标记检测高容量的蛋白质芯片，实时获取蛋白质分子相互作用信息。本发明所述方法概括如下：从蛋白质阵列芯片反射的光通过一维放大透镜组后射入时域相位调制器，改变施加在其上的电压，让射出的s光和p光通过偏振棱镜产生干涉，经成像透镜后由CCD将干涉图像转换成电信号，输入计算机；每改变一次p光的相位采集一幅图像，连采集5幅作为一个循环，处理后获得阵列芯片中各单元上发生反应引起的即时光的相位变化信息，提供给生物学家和医学家进行解析。