一种组合化学集中库设计与优化方法，是对一种虚拟组合化学集中库软件包的设计、建立与评价优化的方法。包括第一步以靶标为基础设计虚拟组合初步筛选库；第二步建立虚拟组合初步筛选库并对分子构象进行优化；第三步对虚拟组合初步筛选库进行评价及其优化。本发明采用遗传算法与组合化学方法相结合，可以用于基于大分子靶标三维结构的全新药物的设计和研究。对靶标具有比较高的亲和性，多样性和类药性。具有速度快、费用低、不耗费任何实验器材，完全通过计算模拟的方法来完成组合化学集中库的设计和优化。