本发明涉及一种经真核表达制备重组人复合α干扰素(cIFN)制备方法，其主要步骤是：将酵母工程菌(PichiapastorisGS115/pPIC9K-CIFN)经种子培养、发酵罐培养、外源蛋白诱导表达及目标蛋白纯化后获得cIFN，其特征在于，在外源蛋白诱导表达启动时加入Tween-20、Tween-80、SDS、TritonX-100、TritonX-114、NP-40、CHAPS、Zwittergent3-14、LiDS、胆酸钠、脱氧胆酸钠、辛匍糖苷或/和Brij35，加入量为0.01～10g/L发酵液；外源蛋白诱导表达的温度控制在20～30℃；外源蛋白诱导表达时发酵液的pH值控制在3.0～7.0且发酵液中的甲醇含量控制在1.0～10.0g/L发酵液。本发明不仅实现了cIFN的高密度高发酵表达，而且使cIFN在发酵液中维持了正确的单体分子状态和生物活性，大大抑制了cIFN聚合体和降解产物的形成。