一种用以下步骤处理船上废水的方法：利用表面过滤法预处理废水；将处理的废水收集到第一容器中，该容器起混合桶的作用，并可以选择性地加大氧的含量；将废水连续地从第一桶输送到三级生物反应器，在这些反应器中，在第二桶中进行废水的好氧生物处理；然后将废水分批从第二桶输送到第三密封桶，在此密封桶中进行脱氮和固体物体的沉降；然后将第三桶中的水输送到第四桶，该第四桶起沉降桶的作用；将污泥的最大部分分批从第三桶循环到第一桶；在消毒后，使第四桶中的水进行精过滤。