本发明公开了一种基于光波导阵列电光扫描器的扫描光束边瓣压缩方法。本方法针对考虑光波导间耦合的光波导阵列电光扫描器的光束边瓣，通过设置不相等的光波导芯层折射率压缩由光波导间耦合引起的扫描光束边瓣，通过设置光波导间距不规则分布压缩由光波导等间距引起的扫描光束边瓣。其过程是：将每个波导芯层的折射率设置为大于或小于相邻波导芯层折射率；各波导间距按照单调线性增大或单调二次方增大或单调三次方增大的规律设置；对此设置参数进行模拟得到未进行光束扫描时的辐射光强分布；再设置不同波导的附加初相位，并进行模拟运算得到光束扫描时的辐射光强分布。本发明可有效降低波导间的耦合，压缩扫描光束边瓣，提高目标探测的能力。