本发明涉及生物降解农药残留技术领域，具体地说是一种以敌敌畏为底物的降解菌株的筛选方法。具体为菌样接种于含敌敌畏的100-150mL富集培养基中进行转接培养，而后取步骤1)中培养的菌液驯化液，稀释104-105后，涂布于牛肉膏蛋白胨固体平板上，30-35℃恒温倒置培养3～4天；将步骤2)中生长的菌株在含敌敌畏为惟一碳源的选择性无机盐培养基固体平板上划线分离，30-35℃培养4～5天，能够生长的菌株即为能够以敌敌畏为唯一碳源的降解菌株。本发明提供的以敌敌畏为底物的降解菌株的筛选方法可以用于其它有机磷类杀虫剂降解菌株的筛选，在农药残留降解菌株的筛选方面提供了一定的理论指导。