本发明公开了一种真空结晶生产磷酸脲的方法，包括：取质量百分比浓度为36～85％的磷酸加入到反应装置中，启动搅拌装置，转速为100～200RPM，加入磷酸量的0～0.012％活化剂和0～0.010％悬浮剂，以4℃/MIN的速率升温至60～100℃，加入磷酸与尿素的摩尔比为1.0～1.4的尿素，保持温度30～120MIN，关闭加热装置；在真空度为0.01～0.50MPA条件下，浓缩，时间为10～60MIN，得到含固量60～90％的磷酸脲晶浆溶液；在真空状态下，将温度降至30～40℃，关闭真空系统；分离、干燥得到磷酸脲产品。本发明结晶时间短、结晶器不易结垢、产品收率高、工艺简单且生产成本低。