本发明公开了一种聚合酶链式反应检测曲霉菌的方法，其步骤是：A、样品的处理：经2％纤维素酶(0.65mol/LNaCl配制)和20mg/ml蛋白酶K处理后，于液氮、沸水浴中循环处理；B、PCR体系：将处理后的菌液加入PCR反应体系中进行PCR扩增；C、PCR产物的检测：对扩增后的DNA样品进行琼脂糖凝胶电泳。本发明方法简便，操作方便，避免了传统曲霉菌DNA提取方法中繁琐的物理破除细胞壁的过程，并省去了DNA抽提步骤，克服了现有技术中因污染而影响检测结果的不足。